(file) Return to sharp.c CVS log (file) (dir) Up to [Development] / JSOC / proj / sharp / apps

Diff for /JSOC/proj/sharp/apps/sharp.c between version 1.17 and 1.24

version 1.17, 2013/08/13 01:35:07 version 1.24, 2014/03/07 21:15:54
Line 1 
Line 1 
 /* /*
  *  sharp.c  *  sharp.c
  *  *
  *      This module creates the pipeline space weather harps   *      This module creates the pipeline Space Weather Active Region Patches (SHARPs).
  *      It is a hard-coded strip-down version of bmap.c   *      It is a hard-coded strip-down version of bmap.c.
  *      It takes the Mharp and Bharp series and crete the following quantities   *      It takes the Mharp and Bharp series and create the following quantities:
    *
  *  Series 1: Sharp_CEA  *  Series 1: Sharp_CEA
  *        CEA remapped magnetogram, bitmap, continuum, doppler (same size in map coordinate, need manual spec?)  *        CEA remapped magnetogram, bitmap, continuum, doppler (same size in map coordinate, need manual spec?)
  *        CEA remapped vector field (Br, Bt, Bp) (same as above)  *        CEA remapped vector field (Br, Bt, Bp) (same as above)
  *    Space weather indices based on vector cutouts (step 2)  *    Space weather indices based on vector cutouts (step 2)
    *
  *  Series 2: Sharp_cutout:  *  Series 2: Sharp_cutout:
  *        cutouts of magnetogram, bitmap, continuum, doppler (HARP defined, various sizes in CCD pixels)  *        cutouts of magnetogram, bitmap, continuum, doppler (HARP defined, various sizes in CCD pixels)
  *        cutouts of all vector data segments (same as above)  *        cutouts of all vector data segments (same as above)
  *      Series 3: Other remaps  
  *  *
  *      Author:  *      Author:
  *              Xudong Sun; Monica Bobra  *              Xudong Sun; Monica Bobra
Line 24 
Line 25 
  *              v0.4    Jan 02 2013  *              v0.4    Jan 02 2013
  *    v0.5  Jan 23 2013  *    v0.5  Jan 23 2013
  *              v0.6    Aug 12 2013  *              v0.6    Aug 12 2013
    *              v0.7 Jan 02 2014
    *              v0.8 Feb 12 2014
    *                              v0.9 Mar 04 2014
  *  *
  *      Notes:  *      Notes:
  *              v0.0  *              v0.0
Line 45 
Line 49 
  *    Corrected ephemeris keywords, added argument mInfo for setKeys()  *    Corrected ephemeris keywords, added argument mInfo for setKeys()
  *              v0.6  *              v0.6
  *              Changes in remapping of bitmap and conf_disambig, now near neighbor without anti-aliasing  *              Changes in remapping of bitmap and conf_disambig, now near neighbor without anti-aliasing
  *   *              v0.7
  *   *              Added full disk as "b"
  *      Example:   *              Global flag fullDisk is set if "b" is set
  *      sharp "mharp=hmi.Mharp_720s[1404][2012.02.20_10:00]" \   *              Utilize BharpRS and BharpRec all around
  "bharp=hmi_test.Bharp_720s_fd10[1404][2012.02.20_10:00]" \   *              Pass mharpRec to set_keys() too in case of full disk
  "dop=hmi.V_720s[2012.02.20_10:00]" \   *              Fixed Bunit (removed from copy_me_keys(), added loops for Bunits in set_keys() here)
  "cont=hmi.Ic_720s[2012.02.20_10:00]" \   *              Error for CEA still does account for disambiguation yet
  "sharp_cea=su_xudong.Sharp_CEA" "sharp_cut=su_xudong.Sharp_Cut"   *              v0.8
  *      For comparison:   *              Added disambig to azimuth during error propagation
  *      bmap "in=hmi_test.Bharp_720s_fd10[1404][2012.02.20_10:00]" \   *              Changed usage for disambig: bit 2 (radial acute) for full disk, bit 0 for patch
  "out=hmi_test.B_720s_CEA" -s -a "map=cyleqa"   *              Fixed disambig cutout for patch: 0 for even, 7 for odd
    *              v0.9
    *              Fixed unit
    *              Check whether in PATCH of FD mode, so the error propagation uses disambiguated azimuth or not
    *
    *
    *      Example Calls:
    *      [I]   B (full disk disambiguation)
    *      > sharp "mharp=hmi.Mharp_720s[1832][2012.07.12_15:24]" "b=hmi_test.B_720s[2012.07.12_15:24]" "dop=hmi.V_720s[2012.07.12_15:24]" "cont=hmi.Ic_720s[2012.07.12_15:24]" "sharp_cea=su_xudong.sharp_cea_720s" "sharp_cut=su_xudong.sharp_720s"
    *      [II]  BHARP (patch disambiguation)
    *      > sharp "mharp=hmi.Mharp_720s[1832][2012.07.12_15:24]" "bharp=hmi.Bharp_720s[1832][2012.07.12_15:24]" "dop=hmi.V_720s[2012.07.12_15:24]" "cont=hmi.Ic_720s[2012.07.12_15:24]" "sharp_cea=su_xudong.sharp_cea_720s" "sharp_cut=su_xudong.sharp_720s"
  *  *
  *  *
  */  */
Line 165  struct swIndex {
Line 179  struct swIndex {
     float meanpot_err;     float meanpot_err;
     float totpot_err;     float totpot_err;
     float meanshear_angle_err;     float meanshear_angle_err;
       float Rparam;
 }; };
  
 // Mapping method // Mapping method
Line 280  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 295  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
 void setSWIndex(DRMS_Record_t *outRec, struct swIndex *swKeys_ptr); void setSWIndex(DRMS_Record_t *outRec, struct swIndex *swKeys_ptr);
  
 /* Set all keywords, no error checking for now */ /* Set all keywords, no error checking for now */
 void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS_Record_t *inRec, struct mapInfo *mInfo);  // Changed Dec 30 XS
   void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS_Record_t *mharpRec, DRMS_Record_t *bharpRec, struct mapInfo *mInfo);
  
 // =================== // ===================
  
Line 320  char *CutSegs[] = {"magnetogram", "bitma
Line 336  char *CutSegs[] = {"magnetogram", "bitma
         "field_inclination_err", "field_az_err", "inclin_azimuth_err",         "field_inclination_err", "field_az_err", "inclin_azimuth_err",
         "field_alpha_err","inclination_alpha_err", "azimuth_alpha_err",         "field_alpha_err","inclination_alpha_err", "azimuth_alpha_err",
         "disambig", "conf_disambig"};         "disambig", "conf_disambig"};
 char *CEASegs[] = {"magnetogram", "bitmap", "Dopplergram", "continuum", "disambig",  char *CEASegs[] = {"magnetogram", "bitmap", "Dopplergram", "continuum",
         BR_SEG_CEA, BT_SEG_CEA, BP_SEG_CEA, BR_ERR_SEG_CEA, BT_ERR_SEG_CEA, BP_ERR_SEG_CEA};          BR_SEG_CEA, BT_SEG_CEA, BP_SEG_CEA, BR_ERR_SEG_CEA, BT_ERR_SEG_CEA, BP_ERR_SEG_CEA, "conf_disambig"};
   // For Bunits, added Dec 30 XS
   char *CutBunits[] = {"Mx/cm^2", " ", "cm/s", "DN/s",
       "degree", "degree", "Mx/cm^2", "cm/s", "mA", " ",
       "length units", "DN/s", "DN/s", " ", " ",
       " ",
       " ", " ",
       "degree", "degree", "Mx/cm^2", "cm/s", " ",
       " ", " ", " ",
       " ", " ", " ",
       " ", " "};
   char *CEABunits[] = {"Mx/cm^2", " ", "cm/s", "DN/s",
       "Mx/cm^2", "Mx/cm^2", "Mx/cm^2", "Mx/cm^2", "Mx/cm^2", "Mx/cm^2", " "};      // Mar 4 2014 XS
  
 /* ========================================================================================================== */ /* ========================================================================================================== */
  
 char *module_name = "sharp"; char *module_name = "sharp";
 int seed; int seed;
  
   int fullDisk;       // full disk mode
   int amb4err;      // Use azimuth disambiguation for error propagation, default is 0 for patch and 1 for FD
   
 ModuleArgs_t module_args[] = ModuleArgs_t module_args[] =
 { {
         {ARG_STRING, "mharp", kNotSpecified, "Input Mharp series."},         {ARG_STRING, "mharp", kNotSpecified, "Input Mharp series."},
         {ARG_STRING, "bharp", kNotSpecified, "Input Bharp series."},         {ARG_STRING, "bharp", kNotSpecified, "Input Bharp series."},
       {ARG_STRING, "b", kNotSpecified, "Input B series, if set, overrides bharp."},
         {ARG_STRING, "dop", kNotSpecified, "Input Doppler series."},         {ARG_STRING, "dop", kNotSpecified, "Input Doppler series."},
         {ARG_STRING, "cont", kNotSpecified, "Input Continuum series."},         {ARG_STRING, "cont", kNotSpecified, "Input Continuum series."},
         {ARG_STRING, "sharp_cea", kNotSpecified, "Output Sharp CEA series."},         {ARG_STRING, "sharp_cea", kNotSpecified, "Output Sharp CEA series."},
         {ARG_STRING, "sharp_cut", kNotSpecified, "Output Sharp cutout series."},         {ARG_STRING, "sharp_cut", kNotSpecified, "Output Sharp cutout series."},
     {ARG_INT,    "seed", "987654", "Seed for the random number generator."},     {ARG_INT,    "seed", "987654", "Seed for the random number generator."},
       {ARG_INT,   "f_amb4err", "0", "Force using disambiguation in error propagation"},     // Mar 4 2014 XS
         {ARG_END}         {ARG_END}
 }; };
  
Line 348  int DoIt(void)
Line 381  int DoIt(void)
         int status = DRMS_SUCCESS;         int status = DRMS_SUCCESS;
         int nrecs, irec;         int nrecs, irec;
  
         char *mharpQuery, *bharpQuery;          char *mharpQuery, *bharpQuery, *bQuery;
         char *dopQuery, *contQuery;         char *dopQuery, *contQuery;
         char *sharpCeaQuery, *sharpCutQuery;         char *sharpCeaQuery, *sharpCutQuery;
  
Line 359  int DoIt(void)
Line 392  int DoIt(void)
  
         mharpQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "mharp");         mharpQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "mharp");
         bharpQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "bharp");         bharpQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "bharp");
       bQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "b");
         dopQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "dop");         dopQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "dop");
         contQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "cont");         contQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "cont");
         sharpCeaQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "sharp_cea");         sharpCeaQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "sharp_cea");
         sharpCutQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "sharp_cut");         sharpCutQuery = (char *) params_get_str(&cmdparams, "sharp_cut");
  
     seed = params_get_int(&cmdparams, "seed");     seed = params_get_int(&cmdparams, "seed");
       int f_amb4err = params_get_int(&cmdparams, "f_amb4err");
  
         /* Get input data, check everything */         /* Get input data, check everything */
  
       // Full disk mode if "b" is set
       if (strcmp(bQuery, kNotSpecified)) {
           fullDisk = 1;
           bharpQuery = bQuery;
           //        SHOW(bharpQuery); SHOW("\n");
           SHOW("Full disk mode\n");
       } else {
           fullDisk = 0;
           SHOW("Harp mode\n");
       }
   
       // Mar 4 2014
       if (f_amb4err == 0) {         // no forcing, 0 for patch and 1 for FD
           amb4err = fullDisk ? 1 : 0;
       } else {
           amb4err = 1;
       }
       printf("amb4err=%d\n", amb4err);
   
       // Bharp point to B if full disk
         if (getInputRS(&mharpRS, &bharpRS, mharpQuery, bharpQuery))         if (getInputRS(&mharpRS, &bharpRS, mharpQuery, bharpQuery))
                 DIE("Input harp data error.");                 DIE("Input harp data error.");
         nrecs = mharpRS->n;         nrecs = mharpRS->n;
Line 387  int DoIt(void)
Line 442  int DoIt(void)
                 /* Records in work */                 /* Records in work */
  
                 DRMS_Record_t *mharpRec = NULL, *bharpRec = NULL;                 DRMS_Record_t *mharpRec = NULL, *bharpRec = NULL;
   
                 mharpRec = mharpRS->records[irec];                 mharpRec = mharpRS->records[irec];
                 bharpRec = bharpRS->records[irec];  
  
                 TIME trec = drms_getkey_time(mharpRec, "T_REC", &status);                 TIME trec = drms_getkey_time(mharpRec, "T_REC", &status);
  
                   if (!fullDisk) {
               bharpRec = bharpRS->records[irec];
           } else {
               if (getInputRec_aux(&bharpRec, bharpRS, trec)) {     // Bharp point to full disk B
                   printf("Fetching B failed, image #%d skipped.\n", irec);
                   continue;
               }
           }
   
                 struct swIndex swKeys;                 struct swIndex swKeys;
  
                 DRMS_Record_t *dopRec = NULL, *contRec = NULL;                 DRMS_Record_t *dopRec = NULL, *contRec = NULL;
   
                 if (getInputRec_aux(&dopRec, dopRS, trec)) {                 if (getInputRec_aux(&dopRec, dopRS, trec)) {
                         printf("Fetching Doppler failed, image #%d skipped.\n", irec);                         printf("Fetching Doppler failed, image #%d skipped.\n", irec);
                         continue;                         continue;
Line 473  int getInputRS(DRMS_RecordSet_t **mharpR
Line 538  int getInputRS(DRMS_RecordSet_t **mharpR
         *mharpRS_ptr = drms_open_records(drms_env, mharpQuery, &status);         *mharpRS_ptr = drms_open_records(drms_env, mharpQuery, &status);
     if (status || (*mharpRS_ptr)->n == 0) return 1;     if (status || (*mharpRS_ptr)->n == 0) return 1;
  
           if (fullDisk) {
           if (getInputRS_aux(bharpRS_ptr, bharpQuery, *mharpRS_ptr)) return 1;
       } else {
         *bharpRS_ptr = drms_open_records(drms_env, bharpQuery, &status);         *bharpRS_ptr = drms_open_records(drms_env, bharpQuery, &status);
     if (status || (*bharpRS_ptr)->n == 0) return 1;     if (status || (*bharpRS_ptr)->n == 0) return 1;
   
         if (compareHarp((*mharpRS_ptr), (*bharpRS_ptr))) return 1;         if (compareHarp((*mharpRS_ptr), (*bharpRS_ptr))) return 1;
       }
  
         return 0;         return 0;
  
Line 703  int createCeaRecord(DRMS_Record_t *mharp
Line 771  int createCeaRecord(DRMS_Record_t *mharp
         drms_copykey(sharpRec, mharpRec, "T_REC");         drms_copykey(sharpRec, mharpRec, "T_REC");
         drms_copykey(sharpRec, mharpRec, "HARPNUM");         drms_copykey(sharpRec, mharpRec, "HARPNUM");
  
         DRMS_Link_t *mHarpLink = hcon_lookup_lower(&sharpRec->links, "MHARP");      if (fullDisk) {
         if (mHarpLink) drms_link_set("MHARP", sharpRec, mharpRec);          DRMS_Link_t *bLink = hcon_lookup_lower(&sharpRec->links, "B");
           if (bLink) drms_link_set("B", sharpRec, bharpRec);
       } else {
         DRMS_Link_t *bHarpLink = hcon_lookup_lower(&sharpRec->links, "BHARP");         DRMS_Link_t *bHarpLink = hcon_lookup_lower(&sharpRec->links, "BHARP");
         if (bHarpLink) drms_link_set("BHARP", sharpRec, bharpRec);         if (bHarpLink) drms_link_set("BHARP", sharpRec, bharpRec);
       }
           DRMS_Link_t *mHarpLink = hcon_lookup_lower(&sharpRec->links, "MHARP");
           if (mHarpLink) drms_link_set("MHARP", sharpRec, mharpRec);
  
          setKeys(sharpRec, bharpRec, &mInfo);            // Set all other keywords      setKeys(sharpRec, mharpRec, bharpRec, &mInfo);            // Set all other keywords
         drms_copykey(sharpRec, mharpRec, "QUALITY");            // copied from los records         drms_copykey(sharpRec, mharpRec, "QUALITY");            // copied from los records
  
         // Space weather         // Space weather
Line 762  int mapScaler(DRMS_Record_t *sharpRec, D
Line 835  int mapScaler(DRMS_Record_t *sharpRec, D
         inArray = drms_segment_read(inSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);         inArray = drms_segment_read(inSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);
         if (!inArray) return 1;         if (!inArray) return 1;
  
       if (!strcmp(segName, "conf_disambig") || !strcmp(segName, "bitmap")) {
           // Moved out so it works for FD conf_disambig as well
           // Jan 2 2014 XS
           interpOpt = 3;          // Aug 12 XS, near neighbor
       }
   
         float *inData;         float *inData;
         int xsz = inArray->axis[0], ysz = inArray->axis[1];         int xsz = inArray->axis[0], ysz = inArray->axis[1];
         if ((xsz != FOURK) || (ysz != FOURK)) {         // for bitmap, make tmp full disk         if ((xsz != FOURK) || (ysz != FOURK)) {         // for bitmap, make tmp full disk
                 interpOpt = 3;          // Aug 12 XS, near neighbor  
                 float *inData0 = (float *) inArray->data;                 float *inData0 = (float *) inArray->data;
                 inData = (float *) (calloc(FOURK2, sizeof(float)));                 inData = (float *) (calloc(FOURK2, sizeof(float)));
                 int x0 = (int) drms_getkey_float(harpRec, "CRPIX1", &status) - 1;                 int x0 = (int) drms_getkey_float(harpRec, "CRPIX1", &status) - 1;
Line 1354  int getBErr(float *bx_err, float *by_err
Line 1432  int getBErr(float *bx_err, float *by_err
                         if (sphere2img (lat, lon, disk_latc, disk_lonc, &xi, &zeta,                         if (sphere2img (lat, lon, disk_latc, disk_lonc, &xi, &zeta,
                                                         disk_xc, disk_yc, 1.0, pa, 0., 0., 0., 0.)) {                                                         disk_xc, disk_yc, 1.0, pa, 0., 0., 0., 0.)) {
                                 bx_err[ind_map] = DRMS_MISSING_FLOAT;                                 bx_err[ind_map] = DRMS_MISSING_FLOAT;
                                 bx_err[ind_map] = DRMS_MISSING_FLOAT;                                  by_err[ind_map] = DRMS_MISSING_FLOAT;
                                 bx_err[ind_map] = DRMS_MISSING_FLOAT;                                  bz_err[ind_map] = DRMS_MISSING_FLOAT;       // Mar 7
                                 continue;                                 continue;
                         }                         }
  
Line 1435  int readVectorB(DRMS_Record_t *inRec, fl
Line 1513  int readVectorB(DRMS_Record_t *inRec, fl
         int llx, lly;           // lower-left corner         int llx, lly;           // lower-left corner
         int bmx, bmy;           // bitmap size         int bmx, bmy;           // bitmap size
  
       if (fullDisk) {
           llx = lly = 0;
           bmx = bmy = FOURK;
       } else {
         llx = (int)(drms_getkey_float(inRec, "CRPIX1", &status)) - 1;         llx = (int)(drms_getkey_float(inRec, "CRPIX1", &status)) - 1;
         lly = (int)(drms_getkey_float(inRec, "CRPIX2", &status)) - 1;         lly = (int)(drms_getkey_float(inRec, "CRPIX2", &status)) - 1;
   
         bmx = inArray_ambig->axis[0];         bmx = inArray_ambig->axis[0];
         bmy = inArray_ambig->axis[1];         bmy = inArray_ambig->axis[1];
       }
  
         int kx, ky, kOff;         int kx, ky, kOff;
         int ix = 0, jy = 0, yOff = 0, iData = 0;         int ix = 0, jy = 0, yOff = 0, iData = 0;
         int xDim = FOURK, yDim = FOURK;         int xDim = FOURK, yDim = FOURK;
           int amb = 0;
  
         for (jy = 0; jy < yDim; jy++)         for (jy = 0; jy < yDim; jy++)
         {         {
Line 1466  int readVectorB(DRMS_Record_t *inRec, fl
Line 1549  int readVectorB(DRMS_Record_t *inRec, fl
                                 continue;                                 continue;
                         } else {                         } else {
                                 kOff = ky * bmx + kx;                                 kOff = ky * bmx + kx;
                                 if (ambig[kOff] % 2) {          // 180                  //                              if (ambig[kOff] % 2) {          // 180
                                   // Feb 12 2014, use bit #2 for full disk, lowest bit for patch
                                   if (fullDisk) { amb = (ambig[kOff] / 4) % 2; } else { amb = ambig[kOff] % 2; }
                                   if (amb) {                              // Feb 12 2014, use bit #2
                                         bx_img[iData] *= -1.; by_img[iData] *= -1.;                                         bx_img[iData] *= -1.; by_img[iData] *= -1.;
                                 }                                 }
                         }                         }
Line 1506  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
Line 1592  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
         DRMS_Array_t *inArrays[9];         DRMS_Array_t *inArrays[9];
  
         // Read full disk images         // Read full disk images
       // Do we need disambig? Dec 30 XS
  
         for (int iSeg = 0; iSeg < 9; iSeg++) {         for (int iSeg = 0; iSeg < 9; iSeg++) {
  
Line 1519  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
Line 1606  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
         float *errbT0 = data_ptr[3], *errbI0 = data_ptr[4], *errbA0 = data_ptr[5];         float *errbT0 = data_ptr[3], *errbI0 = data_ptr[4], *errbA0 = data_ptr[5];
         float *errbTbI0 = data_ptr[6], *errbTbA0 = data_ptr[7], *errbIbA0 = data_ptr[8];         float *errbTbI0 = data_ptr[6], *errbTbA0 = data_ptr[7], *errbIbA0 = data_ptr[8];
  
           // Add disambig, Feb 12 2014
   
           DRMS_Segment_t *inSeg;
       DRMS_Array_t *inArray_ambig;
   
       if (amb4err) {              // Mar 4 2014
   
           inSeg = drms_segment_lookup(inRec, "disambig");
           inArray_ambig = drms_segment_read(inSeg, DRMS_TYPE_CHAR, &status);
           if (status) return 1;
           char *ambig = (char *)inArray_ambig->data;
   
           int llx, lly;           // lower-left corner
           int bmx, bmy;           // bitmap size
   
           if (fullDisk) {
               llx = lly = 0;
               bmx = bmy = FOURK;
           } else {
               llx = (int)(drms_getkey_float(inRec, "CRPIX1", &status)) - 1;
               lly = (int)(drms_getkey_float(inRec, "CRPIX2", &status)) - 1;
               bmx = inArray_ambig->axis[0];
               bmy = inArray_ambig->axis[1];
           }
   
           int idx, idx_a;
           int amb;
   
           for (int j = 0; j < bmy; j++) {
               for (int i = 0; i < bmx; i++) {
                   idx_a = j * bmx + i;
                   idx = (j + lly) * FOURK + (i + llx);
                   // Feb 12 2014, use bit #2 for full disk, lowest bit for patch
                   if (fullDisk) { amb = (ambig[idx_a] / 4) % 2; } else { amb = ambig[idx_a] % 2; }
                   if (amb) { bA0[idx] += 180.; }
               }
           }
   
       }
   
         // Convert errors to variances, correlation coefficients to covariances         // Convert errors to variances, correlation coefficients to covariances
  
         for (int i = 0; i < FOURK2; i++) {         for (int i = 0; i < FOURK2; i++) {
Line 1527  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
Line 1654  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
                 if (fabs(errbA0[i]) > 180.) errbA0[i] = 180.;                 if (fabs(errbA0[i]) > 180.) errbA0[i] = 180.;
  
                 bT[i] = bT0[i];                 bT[i] = bT0[i];
                 bI[i] = bI0[i];                  bI[i] = bI0[i];         // in deg, coverted in errorprop
                 bA[i] = bA0[i];                 bA[i] = bA0[i];
  
                 errbT[i] = errbT0[i] * errbT0[i];                 errbT[i] = errbT0[i] * errbT0[i];
Line 1543  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
Line 1670  int readVectorBErr(DRMS_Record_t *inRec,
         //         //
  
         for (int iSeg = 0; iSeg < 9; iSeg++) drms_free_array(inArrays[iSeg]);         for (int iSeg = 0; iSeg < 9; iSeg++) drms_free_array(inArrays[iSeg]);
           if (amb4err) drms_free_array(inArray_ambig);            // Feb 12; Mar 04 2014
  
         return 0;         return 0;
  
Line 1618  int createCutRecord(DRMS_Record_t *mharp
Line 1746  int createCutRecord(DRMS_Record_t *mharp
         if (bHarpLink) drms_link_set("BHARP", sharpRec, bharpRec);         if (bHarpLink) drms_link_set("BHARP", sharpRec, bharpRec);
  
         setSWIndex(sharpRec, swKeys_ptr);       // Set space weather indices         setSWIndex(sharpRec, swKeys_ptr);       // Set space weather indices
         setKeys(sharpRec, bharpRec, NULL);              // Set all other keywords, NULL specifies cutout          setKeys(sharpRec, mharpRec, bharpRec, NULL);              // Set all other keywords, NULL specifies cutout
  
         // Stats         // Stats
  
Line 1675  int writeCutout(DRMS_Record_t *outRec, D
Line 1803  int writeCutout(DRMS_Record_t *outRec, D
                 return 1;                 return 1;
         }         }
  
           // Feb 12 2014, fool-proof, for patch, change everything to 0 or 7!!!
           // This is a fix for disambiguation before Aug 2013
   
           if (!strcmp(SegName, "disambig") && !fullDisk) {
                   double *disamb = (double *) (cutoutArray->data);
                   for (int i = 0; i < nxny; i++) {
                           if (((int)disamb[i]) % 2) { disamb[i] = 7; } else { disamb[i] = 0; }
                   }
           }
   
         /* Adding disambiguation resolution to cutout azimuth? */         /* Adding disambiguation resolution to cutout azimuth? */
  
 #if DISAMB_AZI #if DISAMB_AZI
           int amb;
         if (!strcmp(SegName, "azimuth")) {         if (!strcmp(SegName, "azimuth")) {
                 DRMS_Segment_t *disambSeg = NULL;                 DRMS_Segment_t *disambSeg = NULL;
                 disambSeg = drms_segment_lookup(inRec, "disambig");                 disambSeg = drms_segment_lookup(inRec, "disambig");
                 if (!disambSeg) {drms_free_array(cutoutArray); return 1;}                 if (!disambSeg) {drms_free_array(cutoutArray); return 1;}
                 DRMS_Array_t *disambArray;                 DRMS_Array_t *disambArray;
           if (fullDisk) { // Jan 2 2014 XS
               disambArray = drms_segment_readslice(disambSeg, DRMS_TYPE_CHAR, ll, ur, &status);
               if (status) return 1;
           } else {
                 if (disambSeg->axis[0] == nx && disambSeg->axis[1] == ny) {                 if (disambSeg->axis[0] == nx && disambSeg->axis[1] == ny) {
                         disambArray = drms_segment_read(disambSeg, DRMS_TYPE_CHAR, &status);                         disambArray = drms_segment_read(disambSeg, DRMS_TYPE_CHAR, &status);
                         if (status) {drms_free_array(cutoutArray); return 1;}                         if (status) {drms_free_array(cutoutArray); return 1;}
Line 1690  int writeCutout(DRMS_Record_t *outRec, D
Line 1833  int writeCutout(DRMS_Record_t *outRec, D
             drms_free_array(cutoutArray);             drms_free_array(cutoutArray);
                         return 1;                         return 1;
                 }                 }
           }
                 double *azimuth = (double *) cutoutArray->data;                 double *azimuth = (double *) cutoutArray->data;
                 char *disamb = (char *) disambArray->data;                 char *disamb = (char *) disambArray->data;
                 for (int n = 0; n < nxny; n++) {                 for (int n = 0; n < nxny; n++) {
                         if (disamb[n]) azimuth[n] += 180.;              //                  if (disamb[n] % 2) azimuth[n] += 180.;      // Nov 12 2013 Fixed!!!
                           // Feb 12 2014, use bit #2 for full disk, lowest bit for patch
                           if (fullDisk) { amb = (disamb[n] / 4) % 2; } else { amb = disamb[n] % 2; }
                           if (amb) azimuth[n] += 180.;
                 }                 }
                 drms_free_array(disambArray);                 drms_free_array(disambArray);
         }         }
Line 1759  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 1906  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
         DRMS_Array_t *bzArray = drms_segment_read(bzSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);         DRMS_Array_t *bzArray = drms_segment_read(bzSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);
         float *bz = (float *) bzArray->data;            // bz         float *bz = (float *) bzArray->data;            // bz
  
       //Use magnetogram map to compute R
       DRMS_Segment_t *losSeg = drms_segment_lookup(inRec, "magnetogram");
       DRMS_Array_t *losArray = drms_segment_read(losSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);
       float *los = (float *) losArray->data;          // los
   
         DRMS_Segment_t *bz_errSeg = drms_segment_lookup(inRec, BR_ERR_SEG_CEA);         DRMS_Segment_t *bz_errSeg = drms_segment_lookup(inRec, BR_ERR_SEG_CEA);
         DRMS_Array_t *bz_errArray = drms_segment_read(bz_errSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);         DRMS_Array_t *bz_errArray = drms_segment_read(bz_errSeg, DRMS_TYPE_FLOAT, &status);
         float *bz_err = (float *) bz_errArray->data;            // bz_err         float *bz_err = (float *) bz_errArray->data;            // bz_err
Line 1784  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 1936  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
  
         // convert cdelt1_orig from degrees to arcsec         // convert cdelt1_orig from degrees to arcsec
         float cdelt1       = (atan((rsun_ref*cdelt1_orig*RADSINDEG)/(dsun_obs)))*(1/RADSINDEG)*(3600.);         float cdelt1       = (atan((rsun_ref*cdelt1_orig*RADSINDEG)/(dsun_obs)))*(1/RADSINDEG)*(3600.);
       int nx1 = nx*cdelt1/2;
       int ny1 = ny*cdelt1/2;
  
         // Temp arrays         // Temp arrays
         float *bh      = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));         float *bh      = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));
Line 1807  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 1961  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
         float *jz_err_squared = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));         float *jz_err_squared = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));
         float *jz_err_squared_smooth = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));         float *jz_err_squared_smooth = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));
         float *jz_rms_err = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));         float *jz_rms_err = (float *) (malloc(nxny * sizeof(float)));
         //spaceweather quantities computed  
  
       // malloc some arrays for the R parameter calculation
       float *rim = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
       float *p1p0 = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
       float *p1n0 = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
       float *p1p = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
       float *p1n = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
       float *p1 = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
       float *pmap = (float *)malloc(nx1*ny1*sizeof(float));
  
           //spaceweather quantities computed
         if (computeAbsFlux(bz_err, bz , dims, &(swKeys_ptr->absFlux), &(swKeys_ptr->mean_vf),  &(swKeys_ptr->mean_vf_err),         if (computeAbsFlux(bz_err, bz , dims, &(swKeys_ptr->absFlux), &(swKeys_ptr->mean_vf),  &(swKeys_ptr->mean_vf_err),
                        &(swKeys_ptr->count_mask), mask, bitmask, cdelt1, rsun_ref, rsun_obs))                        &(swKeys_ptr->count_mask), mask, bitmask, cdelt1, rsun_ref, rsun_obs))
     {     {
Line 1898  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 2060  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
         swKeys_ptr->totpot_err         = DRMS_MISSING_FLOAT;         swKeys_ptr->totpot_err         = DRMS_MISSING_FLOAT;
         }         }
  
         if (computeShearAngle(bx_err, by_err, bh_err, bx, by, bz, bpx, bpy, bpz, dims,  
           if (computeShearAngle(bx_err, by_err, bz_err, bx, by, bz, bpx, bpy, bpz, dims,
                                                   &(swKeys_ptr->meanshear_angle), &(swKeys_ptr->meanshear_angle_err), &(swKeys_ptr->area_w_shear_gt_45),                                                   &(swKeys_ptr->meanshear_angle), &(swKeys_ptr->meanshear_angle_err), &(swKeys_ptr->area_w_shear_gt_45),
                                                   mask, bitmask)) {                                                   mask, bitmask)) {
                 swKeys_ptr->meanshear_angle    = DRMS_MISSING_FLOAT; // If fail, fill in NaN                 swKeys_ptr->meanshear_angle    = DRMS_MISSING_FLOAT; // If fail, fill in NaN
Line 1906  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 2069  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
         swKeys_ptr->meanshear_angle_err= DRMS_MISSING_FLOAT;         swKeys_ptr->meanshear_angle_err= DRMS_MISSING_FLOAT;
         }         }
  
       /*
           if (computeR(bz_err, los , dims, &(swKeys_ptr->Rparam), cdelt1, rim, p1p0, p1n0,
                    p1p, p1n, p1, pmap, nx1, ny1))
       {
                   swKeys_ptr->Rparam = DRMS_MISSING_FLOAT;                // If fail, fill in NaN
           }
       */
   
         // Clean up the arrays         // Clean up the arrays
  
         drms_free_array(bitmaskArray);          // Dec 18 2012 Xudong         drms_free_array(bitmaskArray);          // Dec 18 2012 Xudong
Line 1913  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 2084  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
         drms_free_array(bxArray);         drms_free_array(bxArray);
         drms_free_array(byArray);         drms_free_array(byArray);
         drms_free_array(bzArray);         drms_free_array(bzArray);
       drms_free_array(losArray);          // Mar 7
       drms_free_array(bx_errArray);
           drms_free_array(by_errArray);
           drms_free_array(bz_errArray);
  
         free(bh); free(bt); free(jz); free(jz_smooth);         free(bh); free(bt); free(jz); free(jz_smooth);
         free(bpx); free(bpy); free(bpz);         free(bpx); free(bpy); free(bpz);
Line 1923  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
Line 2098  void computeSWIndex(struct swIndex *swKe
         free(bt_err); free(bh_err);  free(jz_err);         free(bt_err); free(bh_err);  free(jz_err);
     free(jz_err_squared); free(jz_rms_err);     free(jz_err_squared); free(jz_rms_err);
     free(jz_err_squared_smooth);     free(jz_err_squared_smooth);
   
       free(rim);
       free(p1p0);
       free(p1n0);
       free(p1p);
       free(p1n);
       free(p1);
       free(pmap);
   
 } }
  
 /* /*
Line 1964  void setSWIndex(DRMS_Record_t *outRec, s
Line 2148  void setSWIndex(DRMS_Record_t *outRec, s
     drms_setkey_float(outRec, "ERRMPOT", swKeys_ptr->meanpot_err);     drms_setkey_float(outRec, "ERRMPOT", swKeys_ptr->meanpot_err);
     drms_setkey_float(outRec, "ERRTPOT", swKeys_ptr->totpot_err);     drms_setkey_float(outRec, "ERRTPOT", swKeys_ptr->totpot_err);
     drms_setkey_float(outRec, "ERRMSHA", swKeys_ptr->meanshear_angle_err);     drms_setkey_float(outRec, "ERRMSHA", swKeys_ptr->meanshear_angle_err);
       drms_setkey_float(outRec, "R_VALUE", swKeys_ptr->Rparam);
 }; };
  
 /* /*
Line 1971  void setSWIndex(DRMS_Record_t *outRec, s
Line 2156  void setSWIndex(DRMS_Record_t *outRec, s
  *  *
  */  */
  
 void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS_Record_t *inRec, struct mapInfo *mInfo)  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS_Record_t *mharpRec, DRMS_Record_t *bharpRec, struct mapInfo *mInfo)
 { {
         copy_me_keys(inRec, outRec);  
         copy_patch_keys(inRec, outRec);          copy_me_keys(bharpRec, outRec);
         copy_geo_keys(inRec, outRec);          copy_patch_keys(mharpRec, outRec);      // Dec 30
         copy_ambig_keys(inRec, outRec);          copy_geo_keys(mharpRec, outRec);        // Dec 30
           copy_ambig_keys(bharpRec, outRec);
  
     int status = 0;     int status = 0;
  
         // Change a few geometry keywords for CEA records          // Change a few geometry keywords for CEA & cutout records
         if (mInfo != NULL) {          if (mInfo != NULL) {        // CEA
  
         drms_setkey_float(outRec, "CRPIX1", mInfo->ncol/2. + 0.5);         drms_setkey_float(outRec, "CRPIX1", mInfo->ncol/2. + 0.5);
                 drms_setkey_float(outRec, "CRPIX2", mInfo->nrow/2. + 0.5);                 drms_setkey_float(outRec, "CRPIX2", mInfo->nrow/2. + 0.5);
Line 2000  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS
Line 2186  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS
                 drms_setkey_string(outRec, "CTYPE2", key);                 drms_setkey_string(outRec, "CTYPE2", key);
                 drms_setkey_float(outRec, "CROTA2", 0.0);                 drms_setkey_float(outRec, "CROTA2", 0.0);
  
         } else {          // Jan 2 2014 XS
           int nSeg = ARRLENGTH(CEASegs);
           for (int iSeg = 0; iSeg < nSeg; iSeg++) {
               DRMS_Segment_t *outSeg = NULL;
               outSeg = drms_segment_lookup(outRec, CEASegs[iSeg]);
               if (!outSeg) continue;
               // Set Bunit
               char bunit_xxx[20];
               sprintf(bunit_xxx, "BUNIT_%03d", iSeg);
               //printf("%s, %s\n", bunit_xxx, CEABunits[iSeg]);
               drms_setkey_string(outRec, bunit_xxx, CEABunits[iSeg]);
           }
  
         float disk_xc = drms_getkey_float(inRec, "IMCRPIX1", &status);          } else {        // Cutout
         float disk_yc = drms_getkey_float(inRec, "IMCRPIX2", &status);  
         float x_ll = drms_getkey_float(inRec, "CRPIX1", &status);          float disk_xc, disk_yc;
         float y_ll = drms_getkey_float(inRec, "CRPIX2", &status);          if (fullDisk) {
               disk_xc = drms_getkey_float(bharpRec, "CRPIX1", &status);
               disk_yc = drms_getkey_float(bharpRec, "CRPIX2", &status);
           } else {
               disk_xc = drms_getkey_float(mharpRec, "IMCRPIX1", &status);
               disk_yc = drms_getkey_float(mharpRec, "IMCRPIX2", &status);
           }
           float x_ll = drms_getkey_float(mharpRec, "CRPIX1", &status);
           float y_ll = drms_getkey_float(mharpRec, "CRPIX2", &status);
         // Defined as disk center's pixel address wrt lower-left of cutout         // Defined as disk center's pixel address wrt lower-left of cutout
         drms_setkey_float(outRec, "CRPIX1", disk_xc - x_ll + 1.);         drms_setkey_float(outRec, "CRPIX1", disk_xc - x_ll + 1.);
                 drms_setkey_float(outRec, "CRPIX2", disk_yc - y_ll + 1.);                 drms_setkey_float(outRec, "CRPIX2", disk_yc - y_ll + 1.);
Line 2013  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS
Line 2218  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS
                 drms_setkey_float(outRec, "CRVAL1", 0);                 drms_setkey_float(outRec, "CRVAL1", 0);
                 drms_setkey_float(outRec, "CRVAL2", 0);                 drms_setkey_float(outRec, "CRVAL2", 0);
  
           // Jan 2 2014 XS
           int nSeg = ARRLENGTH(CutSegs);
           for (int iSeg = 0; iSeg < nSeg; iSeg++) {
               DRMS_Segment_t *outSeg = NULL;
               outSeg = drms_segment_lookup(outRec, CutSegs[iSeg]);
               if (!outSeg) continue;
               // Set Bunit
               char bunit_xxx[20];
               sprintf(bunit_xxx, "BUNIT_%03d", iSeg);
               //printf("%s, %s\n", bunit_xxx, CutBunits[iSeg]);
               drms_setkey_string(outRec, bunit_xxx, CutBunits[iSeg]);
         }         }
  
         char timebuf[1024];  
         float UNIX_epoch = -220924792.000; /* 1970.01.01_00:00:00_UTC */          }
         double val;  
       TIME val, trec, tnow, UNIX_epoch = -220924792.000; /* 1970.01.01_00:00:00_UTC */
         val = drms_getkey_double(inRec, "DATE",&status);      tnow = (double)time(NULL);
         drms_setkey_double(outRec, "DATE_B", val);      tnow += UNIX_epoch;
         sprint_time(timebuf, (double)time(NULL) + UNIX_epoch, "ISO", 0);  
         drms_setkey_string(outRec, "DATE", timebuf);      val = drms_getkey_time(bharpRec, "DATE", &status);
       drms_setkey_time(outRec, "DATE_B", val);
       drms_setkey_time(outRec, "DATE", tnow);
  
         // set cvs commit version into keyword HEADER         // set cvs commit version into keyword HEADER
         char *cvsinfo = strdup("$Id$");         char *cvsinfo = strdup("$Id$");
Line 2035  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS
Line 2253  void setKeys(DRMS_Record_t *outRec, DRMS
  
 }; };
  
 //  
 //  
  
 /* ############# Nearest neighbour interpolation ############### */ /* ############# Nearest neighbour interpolation ############### */
  

Legend:
Removed from v.1.17  
changed lines
  Added in v.1.24
Karen Tian
 Powered by
ViewCVS 0.9.4